События, происходящие в The Shadow Chronicles, продолжают оригинальный сериал Robotech. Итак, земляне, собрав звездный флот, пытаются отвоевать Землю у захвативших ее инопланетян, используя технологии «Теней». Данные технологии давали преимущества при борьбе с захватчиками Земли. Источником этих технологий была таинственная раса, называемая «Дети теней». Которая, как выяснилось позже, преследовала совсем другие цели. Таким образом, новый агрессор, угрожающий Земле и всему живому в Галактике, выходит из Тени.